Os primeiros sinais de povoamento surgiram após 1534, quando o rei Dom João III de Portugal dividiu o Brasil em 15 Capitanias Hereditárias e as entregou em regime de hereditariedade a nobres, militares e navegadores ligados à da Corte. O objetivo do reino português era facilitar a administração e acelerar a colonização das recém-ocupadas terras brasileiras. Foi criada então a Capitania de Santo Amaro, que se estendia da foz do Rio Juqueriquerê, em Caraguatatuba, até Bertioga. Esta porção de terra foi entregue ao navegador Pero Lopes de Sousa, um nobre português de destaque na época.
Se considera que a fundação formal de Caraguatatuba foi no século 17, por meio da concessão de Sesmarias um instituto jurídico criado pelo Império de Portugal para distribuição de terras a
particulares para a produção de alimentos. Nos primeiros anos de 1600 o capitão-mor Gaspar Conqueiro doou a Miguel Gonçalves Borba e Domingos Jorge a porção de terra localizada na bacia do Rio Juqueriquerê. Foi exatamente naquele ponto que a cidade começou a nascer entre 1664 e 1665 que surgiram sinais de povoamento, com a construção dos primeiros prédios, como a pequena igreja de Santo Antônio, santo padroeiro da cidade de Caraguatatuba.
Mas o pequeno povoado foi assolado por diversos surtos, entre eles o mais mortífero ocorreu em 1693. A varíola, conhecida na época por “Bexigas”, dizimou boa parte da população. Os sobreviventes fugiram para as vilas próximas, Ubatuba e São Sebastião. A doença fez o crescimento retornar à estaca zero, o que atrasou o desenvolvimento do povoado em alguns anos. Após a grande mortandade, o local passou a ser chamado de “Vila que desertou”.
O novo povoado foi elevado à condição de Vila de Santo Antônio de Caraguatatuba em 27 de setembro de 1770, a pedido de Dom Luiz Antônio de Souza Botelho Morgado de Mateus, o então capitão geral da Capitania de São Paulo.
Todos os registros referentes aos índios Gueromimis, datados do século 17 em diante, apresentam diferentes denominações ao grupo: Maramimis, Maramomins, Guarumumis, Guerumimis, Guamemins e outras.
Os Gueromimis, remanescentes do grupo indígena Guaianá, migraram para várias regiões do Brasil buscando áreas mais seguras para sua sobrevivência. Entre os locais para onde eles se deslocaram, uma se destacou por suas condições extremamente favoráveis: o Litoral Norte do Estado de São Paulo.
Os indígenas dessa etnia passaram a dominar a região litorânea de Caraguatatuba no início do século 17, fugindo da escravidão e do avanço dos colonizadores europeus.
Por volta de 1625, a região de Caraguá passou a ser conhecida como “Enseada dos Guaromimis”. Com o domínio do homem branco, os Gueromimis foram levados, gradualmente, à extinção.
Após 1534, quando o rei Dom João III de Portugal dividiu o Brasil em 15 Capitanias Hereditárias e as entregou em regime de hereditariedade a nobres, militares e navegadores ligados à da Corte, com o objetivo do reino português de facilitar a administração e acelerar a colonização das recém-ocupadas terras brasileiras, foi criada então a Capitania de Santo Amaro, que se estendia da foz do Rio Juqueriquerê, em Caraguatatuba, até Bertioga. Esta porção de terra foi entregue ao navegador Pero Lopes de Sousa, um nobre português de destaque na época, mas Caraguatatuba surgiu apenas no século 17, por meio da concessão de Sesmarias. Nos primeiros anos de 1600 o capitão-mor Gaspar Conqueiro doou a Miguel Gonçalves Borba e Domingos Jorge a porção de terra localizada na bacia do Rio Juqueriquerê.
Foi exatamente naquele ponto que a cidade começou a “nascer” entre 1664 e 1665 que surgiram sinais de povoamento, mas o pequeno povoado foi assolado por diversos surtos, entre eles o mais mortífero ocorreu em 1693. A varíola, conhecida na época por “Bexigas”, dizimou boa parte da população. Os sobreviventes fugiram para as vilas próximas, Ubatuba e São Sebastião.
A doença fez o crescimento retornar à estaca zero, o que atrasou o desenvolvimento do povoado em alguns anos. Após a grande mortandade, o local passou a ser chamado de “Vila que desertou”.
O novo povoado foi elevado à condição de Vila de Santo Antônio de Caraguatatuba em 27 de setembro de 1770, a pedido de Dom Luiz Antônio de Souza Botelho Morgado de Mateus, o então capitão geral da Capitania de São Paulo.
No século 19, mais precisamente em 16 de março de 1847, o presidente da Província de São Paulo, Manuel da Fonseca Lima e Silva, ordenou que a vila passasse a ser denominada Freguesia. Caraguatatuba recebeu sua emancipação política e administrativa em 20 de abril de 1857.
A população caraguatatubense ainda teve de superar um surto de malária, em 1884, e outro de gripe espanhola, em 1918. As duas epidemias causaram um grande número de mortos. O ressurgimento e, posteriormente, o crescimento do povoado só veio com a chegada de famílias de estrangeiros, que se instalaram na Fazenda dos Ingleses. A propriedade se estabeleceu em 1927 e trouxe benefícios como o aumento da população, a formação de trabalhadores agrícolas e artesãos, o surgimento do comércio e o crescimento substancial da arrecadação municipal.
Desde o século 17, a população caiçara núcleos de pescadores, agricultores e posseiros foram se formando na região de Caraguatatuba.
Com a realização de recentes pesquisas sobre a história do município, comprovou-se que sua data de fundação é 1664/1665 e seu fundador é Manuel de Faria Dória, Capitão-mor da Capitania de Itanhaém.
Em meados do século XVIII, o novo povoado viu crescer o número de seus habitantes a tal ponto que despertaria o interesse do capitão geral da capitania de São Paulo, D. Luiz Antônio de Souza Botelho Mourão Morgado de Mateus a tomar providências para que o povoado de Santo Antônio de Caraguá fosse elevado à condição de Vila, em 27 de setembro de 1770, sem emancipação político-administrativa. Em 1847 foi elevada à condição de “Freguesia” pela lei nº 18 de 16 de março de 1847, sancionada por Manuel da Fonseca Lima e Silva, Presidente da província de São Paulo.
Em 1857, pela lei nº 30, de 20 de abril de 1857, sancionadas por Antônio Roberto D'Almeida, Vice-presidente da província de São Paulo, Caraguá é elevada à categoria de Vila. Nesta data, passou a ter sua emancipação político–administrativa, deixando de pertencer a São Sebastião. Foi reconhecida como Estância Balneária em 1947, pela lei nº 38, de 30 de novembro de 1947 e sua Comarca instalada em 26 de setembro de 1965
Tromba D'Água
Caraguatatuba ficou mundialmente conhecida pela dramática catástrofe ocorrida em 18 de março de 1967, quando uma tempestade de poucas horas provocou centenas de deslizamentos nas vertentes escarpadas da Serra do Mar. A serra avançou sobre Caraguatatuba despejando milhares de toneladas de lama e Vegetação. Mais de duas décadas após a maior tragédia já ocorrida no Litoral Norte Paulista, Caraguatatuba recuperou-se e cresceu. A dor deu lugar ao esforço de reconstrução, os turistas retornaram, a vida voltou ao seu curso normal.A cidade é hoje o centro mais populoso e importante comercialmente em todo Litoral Norte. Apesar dos desentendimentos entre os políticos, o povo de Caraguatatuba realizou um esforço de reconstrução e marketing turístico. Um bom exemplo é o texto publicado pelo jornal "Folha de São Paulo" em 2 de fevereiro de 1968: "Caraguatatuba volta a sorrir. A cidade já esqueceu a catástrofe do ano passado e experimenta nesta temporada, um movimento desusado de turistas, superando até mesmo as espectativas dos mais otimistas hoteleiros e comerciantes"